Морской музей - один из старейших музеев России, основанный Петром Великим. Его история официально началась в 1709 году. В музее собраны модели почти всех кораблей, спущенных на воду в России с петровских времен, всего 1500. Его можно считать крупнейшим военно-морским музеем в мире. Его коллекция насчитывает более 700 000 единиц хранения, в том числе модели судов, образцы вооружения и военной техники, морские рисунки. Считается, что «Дедушка русского флота» - лодка детства Петра Великого - один из самых ценных экспонатов коллекции.
С 1924 года музей носит нынешнее название.